ในวันที่ 3 พฤศจิกายน พบผู้เสียชีวิตจากเหตุแผ่นดินไหวรายที่ 39 ขณะที่ยังคงมีแผ่นดินไหวตามเกิดขึ้นในระดับที่รู้สึกได้ มีรายงานว่าในจังหวัดนีงะตะมีผู้บาดเจ็บมากกว่า 3,000 คน คนมากกว่าหนึ่งหมื่นคนต้องละทิ้งบ้าน แผ่นดินไหวทำให้บ้านหลายหลังในเมืองโอะจิยะพังถล่ม

เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ที่รถไฟชิงกันเซ็งตกรางขณะให้บริการ ตู้ของ Toki 35 (ชิงกันเซ็ง 200 series) แปดตู้จากสิบตู้ตกรางบนโจเอะสึ ชิงกันเซ็งระหว่างสถานีนะงะโอะกะในเมืองนะงะโอะกะ กับสถานีอุระสะในเมืองยะมะโตะ มีผู้โดยสาร 155 คน แต่ไม่มีรายงานผู้ได้รับบาดเจ็บ ทั้ง Railbeds สะพาน และอุโมงล้วนแต่ได้รับผลกระทบ บริษัทรถไฟญี่ปุ่นตะวันออก ได้หยุดรถไฟทุกขบวนในจังหวัดนีงะตะ ซึ่งสายที่ได้รับความเสียหายอย่างหนักได้แก่ สายโจเอะสึ สายหลักชินเอะสึ สายอียะมะ สายทะดะมิ และสายเอะชิโงะ ส่วนหนึ่งของสถานีนะงะโอะกะพร้อมจะพังถล่มได้ทุกเมื่อจากแผ่นดินไหวตาม แต่หลังจากปิดชั่วคราวก็เปิดให้บริการอีกครั้ง

เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2547 รถไฟสายโจเอะสึและอียะมะส่วนที่ยังคงเหลืออยู่ได้เปิดให้บริการอีกครั้ง ต่อมาวันที่ 28 ธันวาคม ชิงกันเซ็งสายโจะเอะสึกลับมาเปิดให้บริการ Japan Highways ได้ปิดทางด่วนทั้งหมดในจังหวัดนีงะตะ ซึ่งมีผลให้ทางด่วนสายคันเอะสึและสายโฮะกุริกุต้องปิดด้วยเช่นกัน ในวันที่ 4 พฤศจิกายน ทางด่วนสายคันเอะสึยังคงปิดให้บริการในช่วงระหว่าง Nagaoka Interchange กับ Koide Interchange ซึ่งส่วนนี้กลับมาเปิดในวันที่ 5 พฤศจิกายน

เหตุแผ่นดินถล่มและปัญหาอื่นๆทำให้ต้องปิดทางหลวงสองสาย คือ หมายเลข 8 และหมายเลข 17 รวมทั้งถนนในจังหวัดอีกหลายเส้นทาง ทำให้ท้องถิ่นหลายส่วนถูกตัดขาด อย่างเช่นหมู่บ้านยะมะโกะชิเกือบทั้งหมู่บ้าน ซึ่งเคยเป็นหมู่บ้านในเขตโคะชิ แต่ต่อมาถูกผนวกรวมเป็นส่วนหนึ่งของเมืองนะงะโอะกะ ในวันที่ 22 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 รัฐบาลได้ยกเลิกคำสั่งอพยพประชาชนที่มีมานานเก้าเดือน โดยมีผลต่อ 528 ครัวเรือนจากที่ได้รับผลกระทบ 690 ครัวเรือน

นอกจากนี้แผ่นดินไหวยังทำให้เกิดแผ่นดินถล่มทับรถยนต์สามคัน เด็กชายคนหนึ่งถูกช่วยเหลือออกมาจากรถยนต์คันหนึ่งได้ แต่มารดาและพี่สาวเสียชีวิต (พายุไต้ฝุ่นที่เกิดขึ้นก่อนหน้าไม่นานทำให้ดินอุ้มน้ำ จึงถล่มได้ง่ายขึ้น)

แผ่นดินไหวทำให้ท่อส่งน้ำประปาเสียหาย และมีรายงานว่าไฟฟ้า โทรศัพท์ (รวมโทรศัพท์มือถือ) และอินเทอร์เน็ต ใช้งานไม่ได้เป็นพื้นที่วงกว้าง ระบบโทรศัพท์มือถือขัดข้องเนื่องจากสถานีถ่ายทอดสัญญาณได้รับความเสียหายโดยตรง อีกทั้งพลังงานสำรองก็ถูกใช้จนหมด